Expert-comptable pour professions médicales à Lyon : spécialisation, obligations et accompagnement 2026

Exercer une profession de santé en libéral, c'est assumer deux responsabilités en parallèle : celle du praticien vis-à-vis de ses patients, et celle du chef d'entreprise vis-à-vis de l'administration fiscale, de l'Urssaf et de ses caisses de retraite. Cette double casquette est chronophage. Les spécificités du secteur médical sont suffisamment techniques pour que la plupart des professionnels de santé aient tout intérêt à s'appuyer sur un expert-comptable qui connaît précisément leur environnement réglementaire.

Chez Finot & Associés, nous accompagnons des professionnels de santé libéraux depuis de nombreuses années. Médecins généralistes et spécialistes, chirurgiens-dentistes, infirmiers libéraux, kinésithérapeutes, sages-femmes, orthophonistes, pharmaciens, orthodontistes,… : chaque profession a ses propres règles de facturation, ses obligations déclaratives spécifiques et ses leviers d'optimisation propres. Notre rôle est de maîtriser ce cadre pour vous, afin que vous puissiez vous concentrer sur l'essentiel.

Est-ce obligatoire d'avoir un expert-comptable pour un médecin libéral ?

La loi ne l'impose pas. Mais la question de l'obligation est en réalité secondaire par rapport à celle de la pertinence.

En micro-BNC, c'est-à-dire tant que vos recettes annuelles restent inférieures à 77 700 €, les obligations comptables sont allégées : un livre des recettes suffit, sans liasse fiscale ni bilan. Pour une activité libérale complémentaire ou un démarrage à faible volume, l'intervention d'un expert-comptable est effectivement moins urgente.

En revanche, dès que vous exercez à titre principal ou que votre chiffre d'affaires dépasse ce seuil, vous relevez de la déclaration contrôlée (régime réel BNC). Les obligations deviennent alors nettement plus techniques : tenue d'un livre-journal détaillé, déclaration n°2035, gestion des charges déductibles, suivi des amortissements, déclarations sociales auprès de l'Urssaf et de votre caisse de retraite spécifique. À ce niveau de complexité, gérer seul sa comptabilité revient à prendre un risque réel (fiscal mais aussi social).

Les spécificités fiscales et sociales des professions médicales que nous maîtrisons

Le secteur médical libéral ne ressemble pas aux autres activités indépendantes. Il a ses propres règles, et un expert-comptable généraliste qui ne les connaît pas bien peut passer à côté de déductions importantes ou mal orienter ses clients sur des choix structurants.

• Le régime BNC et la déclaration 2035. Les revenus des professionnels de santé libéraux relèvent des bénéfices non commerciaux. La déclaration contrôlée implique de distinguer les recettes encaissées des dépenses professionnelles déductibles, avec des règles précises sur ce qui peut ou non être imputé. Frais de formation, abonnements professionnels, cotisations ordinales, frais de déplacement, matériel médical : la liste des charges admises est longue mais elle suppose une connaissance précise du cadre applicable.
• La CSG partiellement déductible. C'est un point que beaucoup de praticiens ignorent ou mal appréhendent. Une fraction de la CSG payée sur les revenus d'activité est déductible du revenu imposable. L'optimisation de ce mécanisme peut représenter une économie fiscale non négligeable sur la durée.
• Les caisses de retraite sectorielles. Chaque profession de santé cotise auprès d'une caisse spécifique : la CARMF pour les médecins, la CARCDSF pour les chirurgiens-dentistes, la CARPIMKO pour les infirmiers, kinésithérapeutes et orthophonistes, la CNAVPL pour d'autres professions libérales. Les montants de cotisations, les bases de calcul et les délais de régularisation varient d'une caisse à l'autre. Nous assurons le suivi de vos obligations sociales et anticipons les régularisations pour éviter les mauvaises surprises de trésorerie.
• L'Urssaf des indépendants. Les appels de cotisations provisionnels puis la régularisation annuelle génèrent des flux financiers qu'il faut anticiper. Une mauvaise estimation des revenus prévisionnels peut conduire à un rappel important en fin d'année. Nous construisons avec vous un prévisionnel de trésorerie qui intègre ces échéances.

Micro-BNC ou déclaration contrôlée : comment choisir avec votre expert-comptable

Le choix entre micro-BNC et déclaration contrôlée n'est pas uniquement une question de seuil. C'est aussi un arbitrage fiscal qui dépend de la structure réelle de vos charges.

Le micro-BNC applique un abattement forfaitaire de 34 % sur vos recettes brutes pour déterminer votre revenu imposable. Si vos charges professionnelles réelles dépassent ce taux (ce qui est fréquent dès que vous avez un cabinet bien équipé, des frais de déplacement importants ou des cotisations sociales élevées), le régime réel vous est plus favorable.

Nous faisons systématiquement ce comparatif avec nos clients en début de collaboration, et nous le réexaminons à chaque changement significatif de situation. Un praticien qui démarre en micro-BNC peut très bien avoir intérêt à basculer en déclaration contrôlée deux ans plus tard, sans que cette opportunité lui soit signalée si personne ne s'y penche.

Prévoyance et retraite : un angle que beaucoup de praticiens sous-estiment

La comptabilité d'un professionnel de santé libéral ne s'arrête pas à la liasse fiscale. La construction d'une protection sociale cohérente est un enjeu patrimonial majeur que nous intégrons dans notre accompagnement.

La retraite de base et complémentaire des professions libérales médicales dépend intégralement des cotisations versées tout au long de la carrière. La prévoyance (arrêt de travail, invalidité, décès) est d'autant plus critique qu'un praticien libéral ne bénéficie pas des mêmes filets de protection qu'un salarié. Un arrêt prolongé sans couverture adaptée peut mettre en péril une activité construite sur des années.

Nous travaillons avec nos clients praticiens sur ces deux axes : optimiser les cotisations Madelin déductibles qui permettent de réduire la base imposable tout en construisant une couverture prévoyance et retraite complémentaire solide. Ce n'est pas un service annexe, c'est une composante essentielle d'une gestion patrimoniale cohérente.

Installation en SELARL ou SELAS : accompagnement à la création et au choix du statut

De plus en plus de professionnels de santé choisissent d'exercer sous forme de société (SELARL, SELAS, SCM) pour optimiser leur fiscalité ou structurer une association avec d'autres praticiens. Ce passage en société est une décision lourde de conséquences sur le plan fiscal, social et patrimonial.

Nous accompagnons les praticiens dans cette réflexion en amont : construction du prévisionnel, comparatif entre l'exercice en nom propre et l'exercice en société, analyse de l'impact sur la rémunération nette et sur les cotisations sociales. L'immatriculation ne se fait pas avant que vous ayez une vision claire de ce que le changement implique concrètement pour votre revenu disponible.

Pour les praticiens qui s'installent pour la première fois (sortie de salariat hospitalier, reprise d'un cabinet existant, association avec un confrère) nous structurons l'ensemble du démarrage : choix du régime fiscal, premier prévisionnel de trésorerie, paramétrage des obligations sociales, et mise en place d'une organisation comptable qui tient la route dès la première année.